Клиника ФГБОУ ВО СПбГПМУ Минздрава России в своём составе имеет: - консультативно-диагностический центр (КДЦ); - перинатальный центр; - более двадцати профильных стационарных отделений на 815 коек. Ежегодно в клинике получают квалифицированную медицинскую помощь свыше 100 тысяч детей, в том числе и в рамках федеральной программы «Здоровье» по оказанию высокотехнологичной медицинской помощи (ВМП) в счет средств федерального бюджета РФ. Специалисты Клиники (врачи высшей категории, кандидаты и доктора медицинских наук с многолетним стажем) оказывают хирургическую и терапевтическую высокотехнологичную и специализированную медицинскую помощь, как в плановом, так и в экстренном порядке. Центр эндокринной хирургии и онкологии, функционирующий на базе хирургического отделения №3, единственный в России, осуществляет хирургическое лечение пациентов с хирургической и онкологической патологией органов эндокринной системы бесплатно, в рамках государственных квот на оказание ВМП. Плановая госпитализация детей в клинику ФГБОУ ВО СПбГПМУ Минздрава России ведётся как на бесплатной основе, за счёт средств федерального бюджета или средств обязательного медицинского страхования, так и на платной основе, за счёт собственных средств или средств добровольного медицинского страхования.

Университет основан 07 января 1925 года, как Институт охраны материнства и младенчества. Санкт-Петербургский государственный педиатрический медицинский университет (ФГБОУ ВО СПбГПМУ Минздрава России) — старейшее педиатрическое высшее учебное заведение в мире. Клиника при университете является наследницей городской детской больницы «В память священного коронования их Императорских Величеств». Она приступила к приему больных 25 мая 1905 года. Основное становление учреждения прошло под руководством выдающегося организатора Юлии Ароновны Менделевой, возглавлявшей институт с 1925 по 1949 годы. Во время Великой Отечественной войны институт не прекращал своей деятельности. Здесь проходили лечение больные и истощенные дети, был открыт госпиталь для больных и раненых воинов, продолжались научные исследования, велась подготовка врачей. В послевоенные годы институтом руководили: профессор Н. Т. Шутова (1950-1960); доцент Е. П. Семенова (1969-1965); профессора Г. А. Кайсарьянц (1965-1975), Г. А. Тимофеева (1975-1984), В. П. Алферов (1984-1991), М. В. Неженцев (1991-1999), В. И. Гузева (1999), с 1999 — В. В. Леванович. За более чем 80 лет существования университета в его стенах трудились выдающиеся врачи и ученые. Ученые университета внесли большой вклад в развитие как фундаментальных наук, так и клинических дисциплин: в области патологической физиологии — Е. С. Лондон; морфологии — Ф. И. Валькер, Д. Д. Лохов, А. Г. Кнорре; физиологии — А. А. Гинецинский; микробиологии — В. М. Берман; генетики — Е. Ф. Давиденкова; терапии — В. И. Вальдман, А. А. Кедров; хирургии — Н. Н. Еланский, Р. Р. Вреден, А. А. Русанов, Ф. Х. Кутушев, Л. Н. Камардин; медицинской демографии — С. А. Новосельский, В. В. Паевский; психиатрии детского возраста — С. С. Мнухин, Д. Н. Исаев; акушерства — К. К. Скробанский, А. И. Петченко; педологии — Л. И. Чулицкая. В стенах нашего ВУЗа сформировались и продолжают развиваться педиатрические школы М. С. Маслова, А. Ф. Тура, М. Г. Данилевича (детские инфекционные болезни), А. Б. Воловика (детская кардиоревматология), А. В. Папаяна (детская нефрология), П. С. Медовикова (детская фтизиопульмонология), Г. А. Баирова (детская хирургия), Н. В. Кобозева (детская гинекология), Н. Г. Веселова (социальная педиатрия).