Госпиталь учрежден 24 июня 1835 г. по воле императора Николая I приказом военного министра № 4481. 6 августа 1840 г. госпиталь на 1340 коек был открыт для приема больных. 12 сентября 1840 г. он был назван Первым военно-сухопутным санкт-петербургским госпиталем, а 19 июля 1869 г. переименован в Петербургский Николаевский военный госпиталь и в течение последующих 50 лет носил это название. С госпиталем связаны славные страницы военной медицины. В клиническую практику внедрялось все лучшее, чем располагала тогда медицинская наука, видные ученые-медики оставили заметный след в его истории. Среди них были М. И. Аствацатуров, В. М. Бехтерев, В. И. Воячек, П. А. Куприянов, Г. Ф. Ланг и др. И в мирное, и в военное время госпиталь с честью выполнял стоящие перед ним задачи. В период гражданской войны, в условиях разрухи и эпидемий, медицинский персонал вернул в строй многих раненых бойцов и командиров Красной Армии, внес большой вклад в борьбу со вспышками инфекционных болезней. В годы Великой Отечественной войны свыше 60% врачей и около 30% медицинских сестер были направлены в действующую армию. С августа 1941 г. по август 1944 г. госпиталь находился в Вологде и являлся основным лечебным учреждением 95-го эвакуационного пункта. В нем лечились десятки тысяч раненых и больных, выполнено более 18 тыс. сложных операций и 7 тыс. хирургических обработок ран. Благодаря самоотверженному труду персонала 82% раненых и больных были возвращены в строй. В 1985 г., за успехи в медицинском обслуживании воинов и в связи с 40-летием Победы в Великой Отечественной войне, госпиталь был награжден орденом Трудового Красного Знамени. В послевоенный период деятельность госпиталя была направлена на укрепление его материально-технической базы, совершенствование всех видов специализированной медицинской помощи, повышение его роли как методического центра медицинской службы Ленинградского ВО. Большой вклад в это внесли бывшие начальники госпиталя: генерал-майор медицинской службы Б. Н. Ибрагимов (1945-1950), полковники медицинской службы Н. С. Соколов (1950-1961), К. А. Новиков (1961-1969), В. П. Марков (1969-1972), Н. В. Климко (1972-1973), И. К. Барабаш (1973-1978), С. И. Литвинов (1978-1985), Н. Е. Козин (1985-1990), В. П. Жданов (1990-1999). В 1968 г. за достигнутые успехи в лечебно-профилактической работе, учебно-педагогической и научно-исследовательской деятельности, укрепление творческих связей с лечебными и научными учреждениями города госпиталю присвоен статус клинического учреждения.

Александровская барачная больница была основана в 1882 году (17 апреля 1882 г.). С 1891 года больнице было присвоено имя Сергея Петровича Боткина (Александровкая барачная больница в память С.П. Боткина). Мощность больницы при открытии составляла 300 коек, однако больница постоянно расширялась и к 1915 году коечный фонд составлял 700 коек. Больничная аптека помимо нужд стационара обеспечивала медикаментами всех думских врачей города, ряд родильных приютов, санитарных и школьных врачей города. Переломный момент в истории стационара наступил в 1922 году, когда главным врачом больницы был назначен Глеб Александрович Ивашенцов. В больницу были привлечены новые врачебные кадры, медицинский и обслуживающий персонал, развернулись ремонтно-восстановительные работы и уже к осени 1924 больница работала на полную мощность. Коечный фонд больницы достиг 720, а вскоре – 800 коек. В период 1927 – 1939 гг. было сооружено 11 крупных каменных больничных корпусов, отвечавших всем необходимым требованиям. Мощность больницы увеличилась до 1230 коек, из которых только 515 размещались в деревянных, но капитально отремонтированных бараках. В период Великой Отечественной Войны и 900-дневной блокады Ленинграда объём работы значительно увеличился. Работа велась штатным составом, заполненным на треть, в условиях голода, недостатка медикаментов, обстрелов и бомбежек, при перебоях в снабжении водой и электроэнергией. На фоне глубокой алиментарной дистрофии резко изменилось течение ряда инфекционных заболеваний, значительно возросла больничная летальность. В послевоенное время в 1966 г. было принято решение о коренной реконструкции больницы (главный врач Стуков В.В.). Проектная коечная мощность больницы была определена в 1600 коек. Было построено 3 крупных лечебных корпуса на 828 коек. С 1972 г. в больнице работает один из первых в стране блоков интенсивной терапии инфекционных больных. Свое 120-летие (2002 г.) больница встречала как крупнейший в стране инфекционный стационар на 1210 коек, принимавший на лечение ежегодно до 35 тысяч больных.