Институт создан в 1944 году распоряжением Народного Комиссариата пищевой промышленности СССР от 17.04.44., как ленинградская бригада "Пищепромпроект". С 1945 года ленинградская бригада переименовывается в отделение Всесоюзного государственного треста "Пищепромпроект", приказом Минпищепрома СССР от 16.04.51 г. №430 последний объединился с ленинградским отделением Всесоюзного треста строительно-технических изысканий Главстроя на базе "Ленпищепромпроекта" под наименованием ленинградское отделение государственного союзного проектного института "Гипропищепром". Институт осуществляет проектирование мощных аммиачных холодильных установок, имеет многолетний опыт работы в этой сфере; лицензию Госгортехнадзора России; постоянные связи с иностранными производителями холодильного оборудования. Начиная с 1998г. приказом Минсельхозпрода РФ от 16.06.98г. №352, последний именуется как Федеральное государственное унитарное предприятие "Государственный институт по проектированию предприятий мясной и молочной промышленности".

В 2010 году Санкт-Петербургский государственный политехнический университет стал национальным исследовательским университетом, что предопределило развитие качественно иных организационных и структурных решений в научной и образовательной деятельности университета. Стратегическая ориентация на построение общества знаний, развитие и скорейшее внедрение инновационных решений практически во всех сферах человеческой деятельности, повышение роли науки и образования в этом процессе сделали необходимыми создание новых структур, которые могли бы на основе лучшего опыта прошлых десятилетий решить поставленные задачи инновационного развития. Такой структурой в СПбГПУ стал Объединенный научно-технологический институт, основными задачами которого являются развитие мультидисциплинарных научных исследований, создание новейших технологий и наукоемких инноваций мирового уровня. ОНТИ ставит перед собой задачу не только создания необходимых условий для разработки этих инноваций, но и активное продвижение их на рынок высокотехнологичной продукции, быстрое доведение продукта до конечного потребителя в промышленности и бизнесе. ОНТИ в настоящее время успешно взаимодействуют с традиционными научными подразделениями университета – от образовательного ядра (институты и лаборатории классического типа) до распределенной сети научно-образовательных и инновационно-технологических центров. Эффективное взаимодействие ОНТИ с традиционными структурами позволит добиться значительного роста объёмов научно-инновационной деятельности, разработки и внедрения в учебный процесс передовых образовательных технологий, основанных на современных достижениях науки и техники.